CircPlant: An Integrated Tool for circRNA Detection and Functional Prediction in Plants / 基因组蛋白质组与生物信息学报·英文版

The recent discovery of circular RNAs (circRNAs) and characterization of their functional roles have opened a new avenue for understanding the biology of genomes. circRNAs have been implicated to play important roles in a variety of biological processes, but their precise functions remain largely elusive. Currently, a few approaches are available for novel circRNA prediction, but almost all these methods are intended for animal genomes. Considering that the major differences between the organization of plant and mammal genomes cannot be neglected, a plant-specific method is needed to enhance the validity of plant circRNA identification. In this study, we present CircPlant, an integrated tool for the exploration of plant circRNAs, potentially acting as competing endogenous RNAs (ceRNAs), and their potential functions. With the incorporation of several unique plant-specific criteria, CircPlant can accurately detect plant circRNAs from high-throughput RNA-seq data. Based on comparison tests on simulated and real RNA-seq datasets from Arabidopsis thaliana and Oryza sativa, we show that CircPlant outperforms all evaluated competing tools in both accuracy and efficiency. CircPlant is freely available at http://bis.zju.edu.cn/circplant.

Transcriptome profiling and digital gene expression analysis of genes associated with salinity resistance in peanut

Background: Soil salinity can significantly reduce crop production, but the molecular mechanism of salinity tolerance in peanut is poorly understood. A mutant (S1) with higher salinity resistance than its mutagenic parent HY22 (S3) was obtained. Transcriptome sequencing and digital gene expression (DGE) analysis were performed with leaves of S1 and S3 before and after plants were irrigated with 250 mM NaCl. Results: A total of 107,725 comprehensive transcripts were assembled into 67,738 unigenes using TIGR Gene Indices clustering tools (TGICL). All unigenes were searched against the euKaryotic Ortholog Groups (KOG), gene ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) databases, and these unigenes were assigned to 26 functional KOG categories, 56 GO terms, 32 KEGG groups, respectively. In total 112 differentially expressed genes (DEGs) between S1 and S3 after salinity stress were screened, among them, 86 were responsive to salinity stress in S1 and/or S3. These 86 DEGs included genes that encoded the following kinds of proteins that are known to be involved in resistance to salinity stress: late embryogenesis abundant proteins (LEAs), major intrinsic proteins (MIPs) or aquaporins, metallothioneins (MTs), lipid transfer protein (LTP), calcineurin B-like protein-interacting protein kinases (CIPKs), 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase (NCED) and oleosins, etc. Of these 86 DEGs, 18 could not be matched with known proteins. Conclusion: The results from this study will be useful for further research on the mechanism of salinity resistance and will provide a useful gene resource for the variety breeding of salinity resistance in peanut.

Determination of multidrug resistance mechanisms in Clostridium perfringens type A isolates using RNA sequencing and 2D-electrophoresis

In this study, we screened differentially expressed genes in a multidrug-resistant isolate strain of Clostridium perfringens by RNA sequencing. We also separated and identified differentially expressed proteins (DEPs) in the isolate strain by two-dimensional electrophoresis (2-DE) and mass spectrometry (MS). The RNA sequencing results showed that, compared with the control strain, 1128 genes were differentially expressed in the isolate strain, and these included 227 up-regulated genes and 901 down-regulated genes. Bioinformatics analysis identified the following genes and gene categories that are potentially involved in multidrug resistance (MDR) in the isolate strain: drug transport, drug response, hydrolase activity, transmembrane transporter, transferase activity, amidase transmembrane transporter, efflux transmembrane transporter, bacterial chemotaxis, ABC transporter, and others. The results of the 2-DE showed that 70 proteins were differentially expressed in the isolate strain, 45 of which were up-regulated and 25 down-regulated. Twenty-seven DEPs were identified by MS and these included the following protein categories: ribosome, antimicrobial peptide resistance, and ABC transporter, all of which may be involved in MDR in the isolate strain of C. perfringens. The results provide reference data for further investigations on the drug resistant molecular mechanisms of C. perfringens.

De novo transcriptome assembly, functional annotation and differential gene expression analysis of juvenile and adult E. fetida, a model oligochaete used in ecotoxicological studies

BACKGROUND: Earthworms are sensitive to toxic chemicals present in the soil and so are useful indicator organisms for soil health. Eisenia fetida are commonly used in ecotoxicological studies; therefore the assembly of a baseline transcriptome is important for subsequent analyses exploring the impact of toxin exposure on genome wide gene expression. RESULTS: This paper reports on the de novo transcriptome assembly of E. fetida using Trinity, a freely available software tool. Trinotate was used to carry out functional annotation of the Trinity generated transcriptome file and the transdecoder generated peptide sequence file along with BLASTX, BLASTP and HMMER searches and were loaded into a Sqlite3 database. To identify differentially expressed transcripts; each of the original sequence files were aligned to the de novo assembled transcriptome using Bowtie and then RSEM was used to estimate expression values based on the alignment. EdgeR was used to calculate differential expression between the two conditions, with an FDR corrected P value cut off of 0.001, this returned six significantly differentially expressed genes. Initial BLASTX hits of these putative genes included hits with annelid ferritin and lysozyme proteins, as well as fungal NADH cytochrome b5 reductase and senescence associated proteins. At a cut off of P = 0.01 there were a further 26 differentially expressed genes. CONCLUSION: These data have been made publicly available, and to our knowledge represent the most comprehensive available transcriptome for E. fetida assembled from RNA sequencing data. This provides important groundwork for subsequent ecotoxicogenomic studies exploring the impact of the environment on global gene expression in E. fetida and other earthworm species.

Assessment of Epstein-Barr virus nucleic acids in gastric but not in breast cancer by next-generation sequencing of pooled Mexican samples

Gastric (GC) and breast (BrC) cancer are two of the most common and deadly tumours. Different lines of evidence suggest a possible causative role of viral infections for both GC and BrC. Wide genome sequencing (WGS) technologies allow searching for viral agents in tissues of patients with cancer. These technologies have already contributed to establish virus-cancer associations as well as to discovery new tumour viruses. The objective of this study was to document possible associations of viral infection with GC and BrC in Mexican patients. In order to gain idea about cost effective conditions of experimental sequencing, we first carried out an in silico simulation of WGS. The next-generation-platform IlluminaGallx was then used to sequence GC and BrC tumour samples. While we did not find viral sequences in tissues from BrC patients, multiple reads matching Epstein-Barr virus (EBV) sequences were found in GC tissues. An end-point polymerase chain reaction confirmed an enrichment of EBV sequences in one of the GC samples sequenced, validating the next-generation sequencing-bioinformatics pipeline.

Improved assembly procedure of viral RNA genomes amplified with Phi29 polymerase from new generation sequencing data

BACKGROUND: New sequencing technologies have opened the way to the discovery and the characterization of pathogenic viruses in clinical samples. However, the use of these new methods can require an amplification of viral RNA prior to the sequencing. Among all the available methods, the procedure based on the use of Phi29 polymerase produces a huge amount of amplified DNA. However, its major disadvantage is to generate a large number of chimeric sequences which can affect the assembly step. The pre-process method proposed in this study strongly limits the negative impact of chimeric reads in order to obtain the full-length of viral genomes. FINDINGS: Three different assembly softwares (ABySS, Ray and SPAdes) were tested for their ability to correctly assemble the full-length of viral genomes. Although in all cases, our pre-processed method improved genome assembly, only its combination with the use of SPAdes allowed us to obtain the full-length of the viral genomes tested in one contig. CONCLUSIONS: The proposed pipeline is able to overcome drawbacks due to the generation of chimeric reads during the amplification of viral RNA which considerably improves the assembling of full-length viral genomes.

Care for technology dependent children and their relationship with the health care systems / O cuidado do filho dependente de tecnologia e suas relações com os sistemas de cuidados em saúde / El cuidado del hijo dependiente de tecnología y sus relaciones con los sistemas de cuidados en salud

OBJECTIVE: to understand the experience of care delivery to technology dependent children based on the mothers' experience. METHOD: exploratory study with qualitative approach, based on the theoretical framework of medical anthropology and the narrative method. Twelve mothers participated and, as the technique to obtain the narratives, open interviews were held at the participants' homes. RESULTS: the narratives were organized into three thematic categories: the family system, identifying the care forms, the association between popular and scientific knowledge and the participation of the social network; the professional system, which discusses the relations between professionals and family, the hegemony of the biomedical model and the role of nursing; and the popular system, presenting popular care practices like spirituality and religiosity. CONCLUSION: the study provided support for a health care project that takes into account the families' moral and symbolic values and beliefs in view of the illness of a technology-dependent child. The results found can contribute towards changes in the health work process, so that its foundation is guided not only by the biomedical model, allowing the integration of the sociocultural dimensions into the health care movement. .

OBJETIVO: compreender a experiência do cuidado às crianças dependentes de tecnologia, a partir da vivência das mães. MÉTODO: estudo exploratório, com abordagem qualitativa, fundamentado pelo referencial teórico da antropologia médica e do método narrativo. Doze mães participaram e como técnica para obtenção das narrativas utilizou-se entrevista aberta, no domicílio. RESULTADOS: as narrativas foram organizadas em três categorias temáticas: o sistema familiar, identificando as maneiras de cuidar, a associação entre conhecimentos populares e científicos e a participação da rede social; o sistema profissional, que discute as relações entre profissionais e família, a hegemonia do modelo biomédico e o papel da enfermagem; e o sistema popular, apresentando-se as práticas populares de cuidado, como espiritualidade e religiosidade. CONCLUSÃO: o estudo forneceu subsídios para um projeto de cuidado em saúde, que considera valores morais, simbólicos e crenças das famílias diante do adoecimento de uma criança dependente de tecnologia. Os resultados encontrados poderão colaborar para mudanças no processo de trabalho em saúde, de forma que sua fundamentação não seja norteada apenas pelo modelo biomédico, possibilitando que as dimensões socioculturais sejam integradas ao movimento de cuidado em saúde. .

OBJETIVO: comprender la experiencia del cuidado a los niños dependientes de tecnología, a partir de la vivencia de las madres. MÉTODO: estudio exploratorio, con aproximación cualitativa, basado en el referencial teórico de la antropología médica y del método narrativo. Doce madres participaron y como técnica para obtener las narrativas fue utilizada entrevista abierta en domicilio. RESULTADOS: las narrativas fueron organizadas en tres categorías temáticas: el sistema familiar, identificando las maneras de cuidar, la asociación entre conocimientos populares y científicos y la participación de la red social; el sistema profesional, que discute las relaciones entre profesionales y familia, la hegemonía del modelo biomédico y el papel de la enfermería; y el sistema popular, presentando las prácticas populares de cuidado, tales como espiritualidad y religiosidad. CONCLUSIÓN: el estudio facilitó el desarrollo de un proyecto de cuidado en salud que considera valores morales, simbólicos y creencias de las familias ante el adolecer de un niño dependiente de tecnología. Los resultados encontrados podrán colaborar hacia cambios en el proceso de trabajo en salud, de manera que su fundamentación no sea norteada solamente por el modelo biomédico, posibilitando que las dimensiones socioculturales sean integradas al movimiento de cuidado en salud. .

Análise em larga escala de transcritos processados por Spliced leader trans-splicing em esporocistos de Schistosoma mansoni

A esquistossomose é uma das mais importantes doenças parasitárias sendo endêmica em 76 países. No Brasil, esta representa um dos mais sérios problemas de saúde pública,persistindo devido às precárias condições de vida nas quais a população está inserida.O Schistosoma mansoni é a única espécie descrita no Brasil responsável por causar a esquistossomose. Este parasito é um metazoário digenético com várias características única sem sua morfologia, fisiologia e ciclo de vida. Diante disto, é provável uma complexa regulação da expressão gênica em S. mansoni favorecendo mudanças morfológicas e bioquímicas atendendo as suas necessidades fisiológicas e de adaptação aos diversos ambientes. Assim, o mecanismo de regulação pós-transcricional, Splicedleader (SL) trans-splicing, existente no parasito, pode ser importante para viabilizar tais adaptações. Este mecanismo é apenas parcialmente compreendido sendo um amplo campo para pesquisa, auxiliando no desenvolvimento de possíveis ferramentas para o controle da esquistossomose.

O SL trans-splicing ocorre através da adição de uma sequência identificada como Spliced leader, que é doada da extremidade 5’ de um RNA pequeno, para alguns pré-mRNAs receptores, formando o éxon 5’ terminal dos mRNAs maduros. Neste trabalho, foi realizado a identificação de transcritos processados por SL trans-splicing na fase de esporocisto do ciclo de vida do S. mansoni através da construção de biblioteca de cDNA enriquecida neste mecanismo. Assim, por meio de um estudo pioneiro de transcriptômica envolvendo a fase de esporocisto, foram construídas bibliotecas do tipo fragmento e utilizado um sequenciador de segunda geração para identificação de 1.191 transcritos processados por SL trans-splicing nesta fase. Neste trabalho foi observado que 10% dos transcritos expressos na fase de esporocisto são processados por SL trans-splicing se comparado à 5ª versão do proteoma predito de S. mansoni e 15%, se comparado com os 6.677 genes expressos identificados no transcriptoma da fase de esporocisto. Ainda, a partir da classificação dostranscritos em categorias funcionais e identificação de vias metabólicas, foi observado que o mecanismo de SL trans-splicing não está particularmente enriquecido, caracterizando-se como um mecanismo ubíquo. Em conjunto, estes dados enriquecem os estudos de transcriptômica do parasito S. mansoni. Compreender as reais funções deste mecanismo pode auxiliar no desenvolvimento futuro de uma ferramenta de intervenção terapêutica para o controle da esquistossomose mansônica.

Aspectos adaptativos de Schistosoma mansoni na fase esquistossômulo: abordagem in vivo e in vitro

Dentre as formas evolutivas do Schistosoma mansoni, o esquistossômulo é uma das mais estudadas para desenvolvimento de novos fármacos e sistemas diagnósticos. Embora a transformação in vitro seja vantajosa, é importante discutir as limitações do uso de resultados obtidos a partir de parasitos cultivados in vitro em relação aos obtidos no processo natural de infecção. No presente trabalho, esquistossômulos obtidos in vivo e in vitro foram comparados em relação a capacidade de captar sondas fluorescentes, específicas para estruturas internas celulares ou membranas superficiais do parasito. As sondas empregadas para membranas e estruturas internas mostraram marcação similar entre parasitos obtidos in vitro, por transformação mecânica (Mec) e por penetração em pele (Pel). No entanto, diferenças foram observadas quando estes parasitos foram comparados a outros obtidos in vivo pelo método de Clegg (Clegg et al,1965), sendo detectado um aumento da permeabilidade de membranas.

Os dados sugerem que nos esquistossômulos cultivados in vivo o metabolismo é mais ativo nas células superficiais e que durante sua permanência por até 72 horas na pele há um extenso turnover da superfície do parasito, envolvendo moléculas internas e uma umento da liberação de imunógenos. A aumentada permeabilidade pode permitir ainda a captação de moléculas, capazes de estimular o crescimento do parasito. Além disso, bibliotecas de esquistossômulos Mec cultivados em soro portal (SPO3h eSPO12h) e soro periférico de hamster (SPE3h, SPE12h) foram comparadas utilizando sequenciamento de nova geração (NGS) e análise da expressão de genes específicos. Após o sequenciamento e análise dos genes expressos uma alta similaridade entre as réplicas foi encontrada. Comparando as amostras SPO3h versus SPO12h 58 transcritos se mostraram diferencialmente expressos. De acordo com as anotações de termos de ontologia gênica (GO) os genes diferencialmente expressos após 12 horas de contato com o soro portal de hamster, estão ligados a processos importantes ao desenvolvimento até vermes adultos. Assim, este estudo viabilizou um maior entendimento de mecanismos de controle sobre a internalização de moléculas pelo parasito no estádio larvário intravascular, bem como da regulação de sua expressão de genes quando o mesmo se encontra no sistema porta hepático do hospedeiro, onde as formas adultas são essenciais para desenvolvimento da doença

Aspectos adaptativos de Schistosoma mansoni na fase esquistossômulo: abordagem in vivo e in vitro / Adaptive aspects of Schistosoma mansoni in schistosomulum phase: in vivo and in vitro approach

Dentre as formas evolutivas do Schistosoma mansoni, o esquistossômulo é uma das mais estudadas para desenvolvimento de novos fármacos e sistemas diagnósticos. Embora a transformação in vitro seja vantajosa, é importante discutir as limitações do uso de resultados obtidos a partir de parasitos cultivados in vitro em relação aos obtidos no processo natural de infecção. No presente trabalho, esquistossômulos obtidos in vivo e in vitro foram comparados em relação a capacidade de captar sondas fluorescentes, específicas para estruturas internas celulares ou membranas superficiais do parasito. As sondas empregadas para membranas e estruturas internas mostraram marcação similar entre parasitos obtidos in vitro, por transformação mecânica (Mec) e por penetração em pele (Pel). No entanto, diferenças foram observadas quando estes parasitos foram comparados a outros obtidos in vivo pelo método de Clegg (Clegg et al,1965), sendo detectado um aumento da permeabilidade de membranas...

Os dados sugerem que nos esquistossômulos cultivados in vivo o metabolismo é mais ativo nas células superficiais e que durante sua permanência por até 72 horas na pele há um extenso turnover da superfície do parasito, envolvendo moléculas internas e uma umento da liberação de imunógenos. A aumentada permeabilidade pode permitir ainda a captação de moléculas, capazes de estimular o crescimento do parasito. Além disso, bibliotecas de esquistossômulos Mec cultivados em soro portal (SPO3h eSPO12h) e soro periférico de hamster (SPE3h, SPE12h) foram comparadas utilizando sequenciamento de nova geração (NGS) e análise da expressão de genes específicos. Após o sequenciamento e análise dos genes expressos uma alta similaridade entre as réplicas foi encontrada. Comparando as amostras SPO3h versus SPO12h 58 transcritos se mostraram diferencialmente expressos. De acordo com as anotações de termos de ontologia gênica (GO) os genes diferencialmente expressos após 12 horas de contato com o soro portal de hamster, estão ligados a processos importantes ao desenvolvimento até vermes adultos. Assim, este estudo viabilizou um maior entendimento de mecanismos de controle sobre a internalização de moléculas pelo parasito no estádio larvário intravascular, bem como da regulação de sua expressão de genes quando o mesmo se encontra no sistema porta hepático do hospedeiro, onde as formas adultas são essenciais para desenvolvimento da doença...

Análise em larga escala de transcritos processados por Spliced leader trans-splicing em esporocistos de Schistosoma mansoni / Large-scale analysis of transcripts processed by Spliced Leader trans-splice sporocysts of Schistosoma mansoni

A esquistossomose é uma das mais importantes doenças parasitárias sendo endêmica em 76 países. No Brasil, esta representa um dos mais sérios problemas de saúde pública,persistindo devido às precárias condições de vida nas quais a população está inserida.O Schistosoma mansoni é a única espécie descrita no Brasil responsável por causar a esquistossomose. Este parasito é um metazoário digenético com várias características única sem sua morfologia, fisiologia e ciclo de vida. Diante disto, é provável uma complexa regulação da expressão gênica em S. mansoni favorecendo mudanças morfológicas e bioquímicas atendendo as suas necessidades fisiológicas e de adaptação aos diversos ambientes. Assim, o mecanismo de regulação pós-transcricional, Splicedleader (SL) trans-splicing, existente no parasito, pode ser importante para viabilizar tais adaptações. Este mecanismo é apenas parcialmente compreendido sendo um amplo campo para pesquisa, auxiliando no desenvolvimento de possíveis ferramentas para o controle da esquistossomose...

O SL trans-splicing ocorre através da adição de uma sequência identificada como Spliced leader, que é doada da extremidade 5’ de um RNA pequeno, para alguns pré-mRNAs receptores, formando o éxon 5’ terminal dos mRNAs maduros. Neste trabalho, foi realizado a identificação de transcritos processados por SL trans-splicing na fase de esporocisto do ciclo de vida do S. mansoni através da construção de biblioteca de cDNA enriquecida neste mecanismo. Assim, por meio de um estudo pioneiro de transcriptômica envolvendo a fase de esporocisto, foram construídas bibliotecas do tipo fragmento e utilizado um sequenciador de segunda geração para identificação de 1.191 transcritos processados por SL trans-splicing nesta fase. Neste trabalho foi observado que 10% dos transcritos expressos na fase de esporocisto são processados por SL trans-splicing se comparado à 5ª versão do proteoma predito de S. mansoni e 15%, se comparado com os 6.677 genes expressos identificados no transcriptoma da fase de esporocisto. Ainda, a partir da classificação dostranscritos em categorias funcionais e identificação de vias metabólicas, foi observado que o mecanismo de SL trans-splicing não está particularmente enriquecido, caracterizando-se como um mecanismo ubíquo. Em conjunto, estes dados enriquecem os estudos de transcriptômica do parasito S. mansoni. Compreender as reais funções deste mecanismo pode auxiliar no desenvolvimento futuro de uma ferramenta de intervenção terapêutica para o controle da esquistossomose mansônica...

Identification and characterisation of microRNAs in young adults of Angiostrongylus cantonensis via a deep-sequencing approach

Angiostrongylus cantonensis is an important causative agent of eosinophilic meningitis and eosinophilic meningoencephalitis in humans. MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding RNAs that participate in a wide range of biological processes. This study employed a deep-sequencing approach to study miRNAs from young adults of A. cantonensis. Based on 16,880,456 high-quality reads, 252 conserved mature miRNAs including 10 antisense miRNAs that belonging to 90 families, together with 10 antisense miRNAs were identified and characterised. Among these sequences, 53 miRNAs from 25 families displayed 50 or more reads. The conserved miRNA families were divided into four groups according to their phylogenetic distribution and a total of nine families without any members showing homology to other nematodes or adult worms were identified. Stem-loop real-time polymerase chain reaction analysis of aca-miR-1-1 and aca-miR-71-1 demonstrated that their level of expression increased dramatically from infective larvae to young adults and then decreased in adult worms, with the male worms exhibiting significantly higher levels of expression than female worms. These findings provide information related to the regulation of gene expression during the growth, development and pathogenesis of young adults of A. cantonensis.

Identificação de RNAs longos não-codificadores de proteínas regulados por micro-RNAs / Identification of long non-protein coding RNAs regulated by micro-RNAs

Estudos recentes têm revelado que a maior parte dos transcritos gerados em células humanas é composta por RNAs não-codificadores de proteínas (ncRNAs). Uma parte desses ncRNAs compreende a classe de RNAs curtos, que possuem menos que 200 nucleotídeos. Os micro-RNAs (miRNAs) fazem parte dessa classe e têm sido alvo de grande interesse, pois são preditos como possíveis reguladores de mais de 60% dos RNAs mensageiros (mRNAs) humanos. Outra classe dos ncRNAs é composta por ncRNAs longos (lncRNAs, com mais de 200 nucleotídeos), que são transcritos a partir de regiões intergênicas e intrônicas do genoma humano e possuem várias funções, muitas delas relacionadas ao controle da expressão de mRNAs. Recentemente, os lncRNAs têm sido caracterizados quanto à sua estrutura e função. No entanto, muito pouco se sabe sobre os mecanismos pelos quais os lncRNAs são regulados. Este trabalho teve como objetivo avaliar se lncRNAs são regulados por miRNAs em células humanas. Para tanto, identificamos lncRNAs ligados ao complexo de silenciamento induzido por RNA (RISC) em células da linhagem HeLa, utilizando um método aqui desenvolvido de geração de bibliotecas de cDNA direcionadas para sequenciamento em larga escala na plataforma 454/Roche. Em paralelo, sequenciamos os miRNAs ligados ao RISC nestas mesmas células. Os resultados obtidos mostram que centenas de lncRNAs de diversas classes se ligam ao RISC em células HeLa, juntamente com milhares de mRNAs e várias centenas de miRNAs. Entre os miRNAs, encontramos 37 que são preditos como alvejando os lncRNAs detectados. Estes miRNAs constituem possíveis reguladores dos lncRNAs e, portanto, nosso trabalho estabelece um mapa experimental de interações diretas entre lncRNAs e miRNAs. Dentre os lncRNAs identificados ligados ao RISC neste trabalho, destaca-se o TUG1, lincRNA sabidamente envolvido na regulação de genes relacionados à apoptose e ao ciclo celular. Mostramos por ensaio de super-expressão de miRNAs e qPCR que TUG1 é regulado pelo miRNA-148b, um dos miRNAs por nós detectados que possui um sítio alvo altamente conservado em mamíferos localizado na extremidade 3' de TUG1. Em conjunto, este trabalho contribui para o entendimento da regulação dos níveis de expressão de lncRNAs em células humanas e abre perspectivas para a modulação de miRNAs como estratégia de regulação dos níveis e das funções de lncRNAs

Recent studies have revealed that the largest fraction of the transcripts generated in human cells is composed of non-protein coding RNAs (ncRNAs). A portion of these RNAs encompasses the class of short RNAs, which are less than 200 nucleotides in length. Micro-RNAs (miRNAs) are part of this class and are of great interest, as they are predicted to target over 60% of the human messenger RNAs (mRNAs). Another class of ncRNAs is composed of long ncRNAs (lncRNAs, longer than 200 nucleotides), which are transcribed from intergenic and intronic regions of the human genome and have several functions, many of them related to the control of the mRNA expression. Recently, the structure and function of lncRNAs have been characterized. However, little is known about the mechanisms involved in lncRNA regulation. This work aimed to evaluate whether lncRNAs are regulated by miRNAs in human cells. For this purpose, we identified lncRNAs bound to the RNA-induced silencing complex (RISC) in HeLa cells using a method developed here for the generation of strand-specific cDNA libraries for large scale RNA-sequencing in the 454/Roche plataform. In parallel, we sequenced the miRNAs bound to RISC in these cells. Our results show that hundreds of lncRNAs from diverse classes are bound to RISC in HeLa cells, along with thousands of mRNAs and several hundred miRNAs. Among the miRNAs we identified 37 that are predicted to target the detected lncRNAs. These miRNAs are possible regulators of the lncRNAs, and therefore our work establishes an experimental map of direct interactions between lncRNAs and miRNAs. The lncRNA TUG1, a lincRNA involved in the regulation of genes related to apoptosis and cell cycle, was identified among the lncRNAs bound to RISC. We showed by miRNA over-expression and qPCR that TUG-1 is regulated by the miRNA-148b, which is one of the miRNAs detected in our sequencings and has a binding site highly conserved in mammals located at the TUG1 3` end. Taken together, our results contribute to the understanding of the regulation of the lncRNA expression levels in human cells and open perspectives for the modulation of miRNAs as a strategy to regulate the levels and functions of lncRNAs

Molecular detection of hemoplasma infection among cats from São Luís island, Maranhão, Brazil

Hemoplasmas are bacteria that infect erythrocytes, attaching to the red blood cell. There is a need for more reports of hemoplasma infection prevalence and molecular characterization among cats in Brazil since there are only few published reports. The present work aimed to detect and molecularly characterize the presence of hemotrophic mycoplasmas in domestic cats with outdoor access from São Luís, Maranhão, Brazil. Twenty cats (10%) were positive for Candidatus M. haemominutum, five (2.5%) for M. haemofelis, and four (2.%) for M. turicensis based on 16S rRNA gene PCRs. Five cats (2.5%) were co-positive for Candidatus M. haemominutum and M. haemofelis. PCR diagnosis was confirmed by sequencing; and phylogenetic analysis was based on 16S rRNA and rnpb genes.

Estudo da regulação da expressão do gene da proteína prion celular / PrPc protein gene expression regulation study

A conversão da proteína prion celular normal(PrPc), cuja função ainda está sob investigação, para a forma infecciosa (PrPsc) é a causa de algumas doenças neurodegenerativas em humanos e animais. Vários estudos têm sido realizados e mostram que PrPc pode participar de processos normais como memória, estresse oxidativo, neuritogênese e outros. Portanto, a elucidação dos processos de regulação de sua expressão é importante tanto para definir um estratégia para controlar a infeccção quanto para entender melhor a função fisiológica de PrPc. Este trabalho tem objetivo avaliar a expressão de gene de PrPc, a partir da regulação da atividade de seu promotor frente a drogas que foram eleitas de acordo com a composição dos elementos...

Carga viral en el síndrome de inmunodeficiencia adquirida. Estudio comparativo de tres métodos / Viral load and lymphocyte subpopulations in HIV-1 infection

Se evaluaron simultáneamente tres diferentes pruebas cuantitativas para determinar el ARN plasmático del VIH-1 en 129 pacientes adultos y pediátricos de SIDA (b DNA I Chiron Co), Digene Hybrid Capture Test (Digene Co) y MASBA VIH-1 ARN QT (Organon Teknika). Se efectuó análisis estadístico de varianza. La prueba más sensible de las evaluadas en términos de precisión y reproducibilidad fue la de NASBA. Esta prueba fue también apropiada para pacientes pediátricos dado los pequeños volúmenes de muestra necesarios para realizar el estudio (10 microlitros)